在近未来的日本，航空自卫队组建了一支秘密部队，配备拥有高度AI、可变形为类人形态的“有人战斗机”。

新人飞行员甘粕栀被分配到的搭档，是代号“玛索丹”的试验机，其AI性格孤高且难以捉摸。

部队的任务是应对突然出现在日本领空的不明飞行物“灵骸”。

在一次次紧张激烈的空战中，栀与玛索丹从最初的互不信任、操作不谐，到逐渐理解彼此的思维与情感，建立起超越人机的主从关系，成为最强的组合。

然而，随着对“灵骸”调查的深入，他们发现这些不明物体似乎与玛索丹的核心代码有着神秘联系，背后隐藏着关乎AI存在意义的巨大秘密。

栀和玛索丹必须在服从命令与追寻真相之间做出抉择。